私だけでしょうか。。
$ 【何かJavaを使うシェル】
/**/**/*.sh: line 000: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_67.jdk/Contents/Home/bin: is a directory
って出てた問題なんですが
ホームの.bash_profileにて書いていたJAVA_HOMEが
export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home`
export JAVA=$JAVA_HOME/bin
ってなってたんですね。
WIndowsだとbin下が馴染みなのですが、Macだとbin/javaのようです。
export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home`
export JAVA=$JAVA_HOME/bin/java
で解決。